Baudelaire kardeşler Klaus, Violet ve Sunny, hayatlarının en acı dolu anlarından biriyle yüzleşmek zorunda kalır. Ebeveynlerini korkunç ve gizemli bir yangında kaybettikten sonra, çok uzaklarda yaşayan bir akrabalarının yanına gönderilirler. Ancak bu akraba, düşündüklerinin aksine son derece kötü niyetlidir ve tek amacı Baudelaire ailesinin servetine sahip olmaktır. Bu kötü niyetli akrabayla yollarının kesişmesi, aslında talihsizliklerle dolu uzun bir yolculuğun sadece başlangıcıdır.
Kardeşler, bu uzak akrabadan kaçmaya çalışırken, dünyayı dolaşmak zorunda kalırlar ve bu süreçte ailelerine dair bilinmeyen sırlar keşfederler. Ebeveynlerinin asla söz etmediği başka akrabaların varlığını öğrenirler. Anne ve babalarının geçmişte neler yaptığı, çocuklarını nasıl bir geleceğe hazırlamak istedikleri gibi derin ve karanlık sırlar birer birer ortaya çıkar. Ancak tüm bu karmaşanın ortasında sanki talihsizlikler bir türlü peşlerini bırakmayacak gibidir. Baudelaire kardeşler, sürekli kaçış halinde ve tehlikeden tehlikeye sürüklenirken, yaşadıkları her yeni olay, onları ebeveynlerinin gizemli geçmişine biraz daha yaklaştırır. Film, izleyiciye bu talihsiz olayların bir türlü son bulmadığı bir atmosfer sunar ve Baudelaire ailesinin hikayesinin derinliklerine doğru sürükler.