Shadowhunters, 18 yaşındaki Clary Fray’in hikayesini anlatır. Clary, doğum gününde aslında düşündüğü kişi olmadığını keşfeder. O, uzun bir süredir dünyayı gizlice koruyan Gölge Avcıları soyundan gelmektedir. Gölge Avcıları, insan-melek karışımı varlıklardır ve onların temel görevi dünyayı tehdit eden iblisleri avlamaktır. Clary’nin hayatı, annesi Jocelyn’in kaçırılmasıyla aniden değişir. Annesini kurtarma çabası, onu iblis avcılığının karanlık ve tehlikeli dünyasına sürükler. Bu süreçte, gizemli Gölge Avcısı Jace ve en iyi arkadaşı Simon yanında olur.
Clary, kendini bir anda periler, büyücüler, vampirler ve kurt adamların yanı başında bulur. Bu yeni ve karmaşık dünyada yaşarken, geçmişi hakkında daha fazla şey öğrenmeye başlar. Ayrıca geleceğinin ona neler getirebileceğine dair ipuçları da toplamaya başlar. Clary, iblislerin peşinde koştururken kendi iç yolculuğuna da çıkar. Gölge Avcıları dünyasının zorlayıcı koşulları içinde, kim olduğunu ve neyi temsil ettiğini anlamak için çaba harcar. Film, izleyicilere büyülü ve tehlikelerle dolu bir dünyanın kapılarını aralarken, Clary’nin kişisel gelişimini ve ailesinin gizemli geçmişini keşfetmesini de gözler önüne seriyor.