New York Savaşı’nın ardından dünya, sadece Yenilmezler’in varlığını değil, aynı zamanda bu kahramanların ve daha fazlasının karşı karşıya gelmesi gereken güçlü tehditleri de öğrendi. Bu duruma yanıt olarak, Stratejik Anavatan Müdahale, Uygulama ve Lojistik Bölümü’nden Phil Coulson, bu tehditleri bulmak ve onlarla başa çıkmak için elit bir gizli ekip oluşturur. Her geçen gün daha tuhaf ve tehlikeli hale gelen dünyada, süper kötüler sahneye çıkmaya başlar. S.H.I.E.L.D. adını verdikleri bu özel ekip, ortaya çıkan bu yeni tehlikelerle yüzleşmek için her zaman hazırdır. Onlar, dünyanın dört bir yanında beliren bu tehditlerle mücadele etmek ve korunması gereken masumları savunmak için ellerinden geleni yapmaktadır. Ekibin üyeleri, teknolojik yeteneklerin yanı sıra, zeka ve cesaret gibi faktörlerle de donatılmıştır. Bu film, süper kahramanların gölgesinde görev yapan bu gizli ajanların ve onların üstlendikleri tehlikeli görevlerin hikayesini anlatıyor. Film, izleyicilere aksiyon dolu sahneler ve heyecan verici anlar sunarken, aynı zamanda insanlık adına verilen amansız mücadeleleri de gözler önüne seriyor.