Kazakistan’da görev yapan iki asker, Kaptan Duke Hauser ve onun ortağı Ripcord görevlendirilirler. Görevleri, James McCullen tarafından kontrol edilen MARS adlı silah üreticisi tarafından üretilen özel savaş başlıklarını taşımaktır. Ancak, hırsızlar tarafından saldırıya uğradıklarında, uluslararası özel kuvvetler birimi olan “G.I. Joe” tarafından kurtarılırlar. G.I. Joe’un lideri, General Abernathy, hırsızların izindedir ve kötü bir örgüt olan Cobra işin içindedir. Duke ve Ripcord, G.I. Joe’ya katılmak için eğitim alırken, McCullen, Cobra için gizlice çalışmaktadır. Ancak, bu sırada Cobra’nın dünyayı ele geçirmek için silahı kullanmasını engellemek için daha fazla adım atmaları gerekecektir.